Γενικά

Το ΚΗΥ παρέχει πρόσβαση σε κεντρικά εγκατεστημένη υποδομή υπολογιστικού πλέγματος (Grid) και δίνει τη δυνατότητα εκτέλεσης εφαρμογών (engineering simulations) με υψηλές υπολογιστικές απαιτήσεις (High Performance Computing, HPC) σε όλους τους ερευνητές της Πολυτεχνειακής κοινότητας. Η χρήση της υποδομής του υπολογιστικού πλέγματος συμβάλει στη μέγιστη δυνατή αξιοποίηση των κεντρικά εγκατεστημένων υπολογιστικών συστημάτων υψηλής απόδοσης.

Τρόπος πρόσβασης

Οι ερευνητές που επιθυμούν να έχουν πρόσβαση στην υποδομή του υπολογιστικού πλέγματος θα πρέπει να αιτηθούν τη χρήση του στέλνοντας email προς adm AT central.ntua.gr όπου απαραίτητα θα συμπεριλαμβάνονται (δείτε παράδειγμα):

  • Τα προσωπικά τους στοιχεία: το όνομα, το επώνυμο, τη σχολή, το όνομα χρήστη στο KHY (το username από το username@central.ntua.gr ή username@mail.ntua.gr), ένα τηλέφωνο επικοινωνίας, τον επιβλέποντα καθηγητή (στην περίπτωση των διδακτορικών) και την ιδιότητά τους στο ΕΜΠ (μεταπτυχιακός φοιτητής, καθηγητής, εξωτερικός συνεργάτης, κτλ).
  • Μια σύντομη περιγραφή της χρήσης που πρόκειται να κάνουν: π.χ. “Χρήση του Abaqus στα πλαίσια της διδακτορικής μου διατριβής με τίτλο: “ΠΡΟΣΔΙΟΡΙΣΜΟΣ  ΚΡΙΤΗΡΙΩΝ  ΑΣΤΟΧΙΑΣ  ΥΛΙΚΩΝ  ΚΑΙ  ΕΦΑΡΜΟΓΗ  ΤΟΥΣ  ΣΕ  ΚΩΔΙΚΑ  ΠΕΠΕΡΑΣΜΕΝΩΝ  ΣΤΟΙΧΕΙΩΝ  ΓΙΑ  ΤΗΝ  ΠΡΟΣΟΜΟΙΩΣΗ  ΑΠΟΚΡΙΣΗΣ  ΤΗΣ  ΓΑΣΤΡΑΣ ΠΛΟΙΩΝ ΣΕ ΑΚΡΑΙΑ ΦΟΡΤΙΑ”.
  • Το δημόσιο κλειδί τους (δείτε παρακάτω).

Note: Προς το παρόν όλοι οι ενδιαφερόμενοι χρήστες θα πρέπει να περιμένουν απαντητικό email που θα τους ενημερώνει ότι η πρόσβασή τους ενεργοποιήθηκε και στη συνέχεια να προχωρήσουν με την ενότητα Πρόσβαση με Secure Shell.

Η υπηρεσία του υπολογιστικού πλέγματος είναι προσβάσιμη μόνο μέσα από το εσωτερικό δίκτυο του ΕΜΠ. Αν βρίσκεστε εκτός του εσωτερικού δικτύου του ΕΜΠ θα πρέπει να χρησιμοποιήσετε την υπηρεσία εικονικού ιδιωτικού δικτύου VPN που προσφέρεται από το Κέντρο Δικτύων.

Όταν ενεργοποιηθεί η πρόσβαση τότε οι χρήστες προχωρούν στην ενότητα Πρόσβαση με Secure Shell, μπορούν να μεταφέρουν αρχεία, να υποβάλλουν εργασίες για επίλυση και να συλλέγουν τα αποτελέσματά τους.

Δημιουργία κλειδιών κρυπτογράφησης

Αν χρησιμοποιείτε Windows μια λύση είναι να χρησιμοποιήσετε το πρόγραμμα PuTTY Key Generator. Αφού το ξεκινήσετε και πατήσετε το κουμπί Generate θα πρέπει να κινήσετε το ποντίκι σας πάνω στη λευκή περιοχή έως ότου παραχθεί αρκετή τυχαιότητα για τη δημιουργία των κλειδιών σας. Μόλις δημιουργηθούν τα κλειδιά θα πρέπει να τα σώσετε στον υπολογιστή σας για την μελλοντική τους χρήση σαν κλειδιά πρόσβασης στην υποδομή του grid του ΚΗΥ.

puttygen launch

puttygen randomness

puttygen keys ready

Μπορείτε για παράδειγμα να δημιουργήσετε ένα κατάλογο PuTTY Keys για να αποθηκεύσετε τα κλειδιά σας. Σώστε το δημόσιο κλειδί (κουμπί Save public key) με κάποιο όνομα, π.χ. public. Κατά τη διάρκεια της αποθήκευσης του ιδιωτικού σας κλειδιού (κουμπί Save private key) σας συμβουλεύουμε να εφοδιάσετε το κλειδί σας με ένα συνθηματικό passphrase έτσι ώστε να είναι ασφαλέστερη η χρήση του. Αυτό σημαίνει ότι κάθε φορά πριν τη χρήση του κλειδιού σας θα σας γίνεται ερώτηση για το μυστικό passphrase που θα πρέπει να απαντηθεί ορθά για να συνεχίστε.

puttygen save public

puttygen passphrase

puttygen save private

Αντιγραφή του δημόσιου κλειδιού

Αν χρησιμοποιείτε Windows, από το PuTTY Key Generator θα πρέπει να επιλέξετε (click and drag) όλο το περιεχόμενο του πλαισίου κάτω από τη φράση Public key for pasting into OpenSSH authorized_keys file και να το επικολήσετε μέσα στο email της αίτησης χρήσης της υποδομής του υπολογιστικού πλέγματος. Προσέξτε ότι κατά τη διαδικασία της επιλογής του κειμένου η μπάρα κύλισης (scrollbar) στα δεξιά πρέπει να κυλίσει μέχρι το κάτω μέρος για να είστε σίγουροι πως επιλέξατε όλο το κείμενο του δημόσιου κλειδιού σας (θα πρέπει να τελειώνει σε κάτι σαν rsa-key-20161031).

Παράδειγμα αίτησης χρήσης

Ένα παράδειγμα μιας αίτησης χρήσης της υποδομής του υπολογιστικού πλέγματος που περιλαμβάνει ένα σωστά επιλεγμένο δημόσιο κλειδί μπορεί να είναι η παρακάτω (προσέξτε ότι κατά την επικόληση το κείμενο του δημόσιου κλειδιού θα είναι μια μεγάλη γραμμή με πολλούς χαρακτήρες που θα διπλώνει μέσα στο σώμα του μηνύματος) :

Όνομα:        Γιάννης
Επώνυμο:      Παπαδόπουλος
Σχολή:        Ναυπηγών
Όνομα χρήστη: johnpapado
Ιδιότητα:     Διδακτορικός φοιτητής
Επιβλέποντας: Γιώργος Χατζηδημητρακόπουλος

Περιγραφή χρήσης:

Χρήση του Abaqus στα πλαίσια της διδακτορικής μου διατριβής με τίτλο: "ΠΡΟΣΔΙΟΡΙΣΜΟΣ  ΚΡΙΤΗΡΙΩΝ  ΑΣΤΟΧΙΑΣ  ΥΛΙΚΩΝ  ΚΑΙ  ΕΦΑΡΜΟΓΗ  ΤΟΥΣ  ΣΕ  ΚΩΔΙΚΑ  ΠΕΠΕΡΑΣΜΕΝΩΝ  ΣΤΟΙΧΕΙΩΝ  ΓΙΑ  ΤΗΝ  ΠΡΟΣΟΜΟΙΩΣΗ  ΑΠΟΚΡΙΣΗΣ  ΤΗΣ  ΓΑΣΤΡΑΣ ΠΛΟΙΩΝ ΣΕ ΑΚΡΑΙΑ ΦΟΡΤΙΑ"

Δημόσιο κλειδί:

ssh-rsa AAAAB3NzaC1yc2EAAAABJQAAAQEAjQfeLji9stdcjfgC/2jy25VKinhtn7msTcsPNsZlYpyNydUqIh1diTkpKnjx4UCiErcBvKU680S2XHimTfh1iC/YDcsNkrWQxXw1Alr9bNEWCuRGsBmPDvbQls1WkWYS94tvwbEyCEa0UzojBO06hpgCv/yE2RHtHmqQLsL7a88DqCpEk3uh4Llk8X7mFPZY8jPNusStzDS+H3qXtZCH1Jmd8VT0JVf4DNSccjriSoXgpiySKUGkZkKNGS2SgEST0E1YZJYxuD6thf1NKZu8EeCa0//Spemji7TbUITT6txHUU1kc8ca2rrAoZA0UYNhukVaV02OHmMAR/rerobddw== rsa-key-20161031

Πρόσβαση με Secure Shell

Αν χρησιμοποιείτε Linux ή Mac υπολογιστή ανοίξτε ένα terminal και δώστε την εντολή

ssh -i /path/to/rsa -C username@grid.central.ntua.gr

Αν υπάρξει πρόβλημα σύνδεσης τις περισσότερες φορές συνδέεται με τα permissions των κλειδιών κρυπτογράφησης:

chmod 600 /path/to/rsa

Αν χρησιμοποιείτε Windows μια λύση είναι να χρησιμοποιήσετε το πρόγραμμα PuTTY. Για καλύτερη εμφάνιση σας προτείνουμε να ενεργοποιήσετε στην ενότητα Window>Appearence τη γραμματοσειρά Consolas και τη ρύθμιση ClearType. Για να επιλέγεται αυτόματα το όνομα χρήστη σας όπως και το προσωπικό σας κλειδί κρυπτογράφησης εισάγετε τις αντίστοιχες πληροφορίες στις ενότητες Connection>Data και Connection>SSH>Auth.

consolas cleartype

connection data

connection ssh auth

Σώστε τις επιλογές σας σε ένα session name έτσι ώστε κάθε επόμενη φορά να επιλέγετε το session και στη συνέχεια Load. Την πρώτη φορά που θα συνδεθείτε θα εμφανιστεί ένα παράθυρο με τίτλο PuTTY Security Alert όπου θα πρέπει να επιλέξετε το Yes για να συνδεθείτε επιτυχώς. Αν έχετε εφοδιάσει το προσωπικό σας κλειδί με Passphrase πρέπει να το πληκτρολογήσετε και αμέσως μετά θα μπορείτε να χρησιμοποιήσετε την υποδομή του grid για να υποβάλετε τις δουλειές σας.

save grid

security alert

logged in

Μεταφορά αρχείων

Αν χρησιμοποιείτε Windows μια λύση είναι να χρησιμοποιήσετε το πρόγραμμα WinSCP. Αφού ξεκινήσετε το πρόγραμμα εγκατάστασης θα πρέπει να αποδεχτείτε το License Agreement, να επιλέξετε Typical installation και στη συνέχεια την επιλογή Commander σαν User interface style.

winscp license

winscp typical

winscp commander

Όταν θα ξεκινήσετε για πρώτη φορά το WinSCP θα πρέπει να εισάγετε το ιδιωτικό σας κλειδί, όπως κάνατε και στην περίπτωση του PuTTY. Επιλέξτε Advanced και στη συνέχεια στην ενότητα SSH>Authentication επιλέξτε το ιδιωτικό σας κλειδί. Στη συνέχεια συμπληρώστε το όνομα χρήστη στο πεδίο User name και τέλος πατήστε το κουμπί Save. Δεχτείτε ή αλλάξτε το προτεινόμενο όνομα για τη νέα σύνδεση που μόλις δημιουργήσατε και τελικά θα έχετε τη νέα σύνδεση αποθηκευμένη στο αριστερό πλαίσιο.

winscp launch

winscp private key

winscp grid saved

Για να συνδεθείτε επιλέγετε το όνομα της σύνδεσης από αριστερά και πατάτε το κουμπί Login. Αν έχετε εφοδιάσει το ιδιωτικό σας κλειδί με κάποιο passphrase θα πρέπει να το πληκτρολογήσετε για να συνδεθείτε με επιτυχία. Στο τέλος θα υπάρχουν δύο πλαίσια όπου στο αριστερό βρίσκεται ο τοπικός σας υπολογιστής ενώ στο δεξιό ο απομακρυσμένος. Μπορείτε να μετακινείτε αρχεία από και προς τον απομακρυσμένο υπολογιστή με τη διαδικασία του “drag and drop”.

winscp grid saved

winscp passphrase

winscp local remote

Υποβολή εργασίας για επίλυση

Αφού έχετε μεταφέρει τα αρχεία σας με επιτυχία και τα έχετε τακτοποιήσει σε κάποιο κατάλογο, π.χ. abaqus-multiprocessor θα πρέπει να μετακινηθείτε στον κατάλογο με την εντολή cd abaqus-multiprocessor (αντικαταστήστε το όνομα του καταλόγου ανάλογα). Η εντολή ls μας δίνει τη λίστα των αρχείων που περιέχει ο κατάλογος. Η εργασία που θέλουμε να υποβάλουμε είναι συνήθως ένα αρχείο κειμένου (script) που περιέχει διάφορες ρυθμίσεις και εντολές. Στο συγκεκριμένο παράδειγμα η εργασία που θα υποβληθεί είναι το αρχείο abaqus-multi.sh και η υποβολή γίνεται με την εντολή qsub.

qsub abaqus-multi.sh

Το σύστημα δίνει ένα αύξοντα αριθμό στην εργασία και μας πληροφορεί με ανάλογο μήνυμα ότι η εργασία μας έχει υποβληθεί. Ταυτόχρονα θα λάβουμε κι ένα ενημερωτικό email με ανάλογο περιεχόμενο.

root<root@central.ntua.gr>
to chfrag

Job 10 (abaqus-multi.sh) Started
 User       = chfrag
 Queue      = all.q
 Host       = blade13
 Start Time = 11/09/2016 12:20:20

Για να ενημερωθούμε από το ίδιο το σύστημα για τις λεπτομέριες της εκτέλεσης χρησιμοποιούμε την εντολή qstat.

qstat -f

qsub start

qsub qsub

qsub qstat

Συλλογή αποτελεσμάτων

Όταν η επίλυση τελειώσει θα λάβετε ένα ενημερωτικό email με διάφορες πληροφορίες σχετικά με την επεξεργασία που έγινε στην υποδομή του υπολογιστικού πλέγματος:

root<root@central.ntua.gr>
to chfrag

Job 10 (abaqus-multi.sh) Complete
 User             = chfrag
 Queue            = all.q@blade13
 Host             = blade13
 Start Time       = 11/09/2016 12:20:20
 End Time         = 11/09/2016 12:47:16
 User Time        = 00:00:01
 System Time      = 00:00:00
 Wallclock Time   = 00:26:56
 CPU              = 10:32:30
 Max vmem         = 15.173G
 Exit Status      = 0

Αν δώσουμε την εντολή ls στον κατάλογο της εργασίας θα δούμε ότι έχουν δημιουργηθεί διάφορα αρχεία σαν αποτέλεσμα της επεξεργασίας μας. Με τη χρήση του WinSCP μπορούμε να μεταφέρουμε τα αρχεία που μας ενδιαφέρουν στον τοπικό υπολογιστή.

finished ls

finished winscp

finished download